Fyysisellä tasolla ne vastaavat hermokeskuksia (latinaksi plexus), jotka hoitavat alueensa elinten toimintaa sekä huolehtivat elimistön tiedonkulusta.

Henkisellä tasolla chakrat ylläpitävät ihmiseen sisäänrakennettuja hyviä ominaisuuksia, kuten tyytyväisyyttä, viattomuutta, anteliaisuutta ja anteeksiantoa. Kun chakra-tasolla tapahtuu muutos pois puhtaasta, alkuperäisestä tilasta, meissä ilmenee epätasapainotila, joka myöhemmässä vaiheessa saattaa puhjeta sairautena.

Itseoivalluksen jälkeen kundalini pitää huolta koko chakra-järjestelmän hyvinvoinnista. Meditaation tuoman hiljaisuuden aikana kundalini puhdistaa ja tasapainottaa energiakeskukset ja kanavat, ja ihmisen heilahtelu oikean ja vasemman, eli järjen ja tunteen, kanavien välillä vähenee.